たくさんウインドウを表示したり、既存のウインドウをリサイズしたりするとこの現象が起こるようです。
この現象を回避するには、Berylマネージャを右クリックして、[Berylのより高度なオプション] → [描画プラットフォーム]で AIGLXを強制 にチェックを入れます。これで多分直ります。
またウインドウの移動やエフェクトがカクカクする場合は、[Berylの設定] → General Option を開いて以下のように変更すればスムーズに動きます。
- リフレッシュレートを検出 のチェックを外す
- リフレッシュレートを200に設定
- VBlankに同期 のチェックを外す